棉簽可以用來清潔用傳統的方法無法到達或清潔的區域、裂縫和縫隙。一旦棉簽拾起了殘留物，不能讓它再掉出去。棉簽采樣可能是應用廣泛的清潔確認采樣技術。這是在清潔確認評估中重要的環節。棉簽和棉簽和基片表面的物理特征和物理擦拭移動在物理確認程序中都起到了一定的作用。化學程序包括用蘸濕的棉簽從基片表面上獲取要分析對象的樣本，然后從棉簽中提取分析物，后再把棉簽放到恢復溶液中。擦拭移動的步驟標準化，這樣才能保證在分析研究過程中通過擦拭移動再現、進行恢復確認。
這個程序應列入標準的操作程序中，有一種特殊的辦法可以蘸濕棉簽頭并且防止因棉簽頭上的液體過量而使殘留物擴散出去、進入周圍的表面。技術上的錯誤會導致相互矛盾的結果。棉簽需要蘸濕而不是徹底浸透。經過預清潔處理的小瓶子和棉簽，溶液的TOC本底不超過10ppb，棉簽的TOC本底不超過50ppb。
